معلومة

أين يمكنني العثور على جينوم لفيروس كورونا سلالة إل وفيروس كورونا سلالة؟

أين يمكنني العثور على جينوم لفيروس كورونا سلالة إل وفيروس كورونا سلالة؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

قرأت مقالًا مثيرًا للاهتمام حول سلالتين من فيروس كورونا: https://www.newscientist.com/article/2236544-coronavirus-are-there-two-strains-and-is-one-more-deadly/

أود أن أعرف كيف استخدم العلماء تصنيف فيروس كورونا على أنه سلالة L و S. وبشكل أكثر تحديدًا ، أود الحصول على الجينوم (الحمض النووي) لسلالة L وسلالة S.


روابط المقالة لهذا المنشور الذي يحتوي على جميع المعلومات المطلوبة: https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463

وقد ورد في الورقة أن:

على الرغم من أننا وجدنا تباينًا بنسبة 4 ٪ فقط في النيوكليوتيدات الجينية بين SARS-CoV-2 وفيروس كورونا المرتبط بالسارس (SARSr-CoV ؛ RaTG13) ، كان الاختلاف في المواقع المحايدة 17 ٪ ، مما يشير إلى أن الاختلاف بين الفيروسين أكبر بكثير مما كان مقدرا سابقا.

تسلط نتائجهم الضوء على التغييرات التطورية في تطوير اختلافات جديدة في مواقع وظيفية في مجال ربط المستقبلات (RBD). هذه الاختلافات التنموية لها ارتفاع في التغييرات في RBD لـ SARS-CoV-2 و فيروسات من البنغولين SARSr-CoVs

كيف يعرّفون الاختلافات S و L؟

لقد قاموا بعلم الوراثة السكانية على 103 جينوم متوفر لـ SARS-CoV-2. يتم تحديد هذين النوعين الرئيسيين بشكل جيد من خلال اثنين من تعدد الأشكال التي تظهر ارتباطًا كاملاً عبر السلالات الفيروسية.

من المهم أيضًا الإشارة إلى أن SARS-CoV-2 وجد أن لديه 96.2٪ تشابه مع فيروس كورونا المرتبط بالسارس (SARSr-CoV؛ RaTG13) ولكنه لا يشبه إلى حد بعيد SARS-CoV (79٪) أو MERS-CoV (50). ٪).

كيف نعرف أن هناك نوعين؟

نحن نعلم أن هناك نوعين لأنه من بين 103 جينومًا متسلسلًا ، يظهر موقعان من تعدد أشكال النوكليوتيدات SNP ارتباطًا مهمًا. هذه هي SNPs في الموقع 8782 (orf1ab: T8517C ، synoniumous) و 28144 (ORF8: C251T ، S84L).

إذا كان لديك "CT" (كما في الأزواج الأساسية) من النمط الفرداني SARS-CoV-2 ، فلديك النوع L (النوع "L" لأن T28144 موجود في كودون Leucine). خلاف ذلك ، إذا كان لديك النمط الفرداني "TC" لديك النوع S (C28144 موجود في كودون Serine).

ووجدوا أن النوع S هو الإصدار القديم (الإصدار الأقل عدوانية) من خلال محاذاته مع فيروسات أخرى أقدم. في الواقع ، بالنسبة لكل متغير من الفيروس ، تم الاستدلال على حالة الأجداد من خلال محاذاة SARS-CoV-2 (NC_045512) و RaTG13 و GD Pangolin-Cov.

حتى أكون أكثر دقة في إجابتي لإيجاد أنواع S و L. يمكنك تسلسل جينوم الفرد المصاب (يمكنك العثور عليه عبر الإنترنت على NCBI) بمحاذاة التسلسل المرجعي الحالي (MN908947 ، NC_045512) ، وإلقاء نظرة على SNPs وتحديد ما إذا كان لديهم نمط فردي "CT" أو "TC" لتحديد نوع S أو L.


كوفيد -19: هل يمكن أن تتنبأ الأعراض المبكرة بمدى إصابتك بالمرض؟

يمكن أن تساعد الأعراض التي ظهرت في الأيام القليلة الأولى من الإصابة بعدوى COVID-19 في التنبؤ بالمسار الذي سيتبعه مرض المريض.

هل قرأت؟

هذه واحدة من الاستنتاجات الأولية لفريق من الباحثين من King’s College London في المملكة المتحدة. حدد بحثهم ستة أقسام فرعية محتملة لـ COVID-19 ، باستخدام التعلم الآلي لتحليل البيانات من تطبيق تتبع الأعراض.

تعكس هذه النتائج - من ورقة ما قبل الطباعة لم تتم مراجعتها بعد - كيف يتطور التفكير فيما يتعلق بالمرض وكيف يتم الاستفادة من التقنيات لمكافحة المرض.

ماذا يفعل المنتدى الاقتصادي العالمي بشأن تفشي فيروس كورونا؟

تتطلب الاستجابة لوباء COVID-19 تعاونًا عالميًا بين الحكومات والمنظمات الدولية ومجتمع الأعمال ، والذي يقع في قلب مهمة المنتدى الاقتصادي العالمي باعتباره المنظمة الدولية للتعاون بين القطاعين العام والخاص.

منذ إطلاقها في 11 مارس ، جمعت منصة عمل COVID للمنتدى 1،667 من أصحاب المصلحة من 1106 شركة ومؤسسات للتخفيف من مخاطر وتأثير حالة الطوارئ الصحية العالمية غير المسبوقة التي هي COVID-19.

تم إنشاء المنصة بدعم من منظمة الصحة العالمية وهي مفتوحة لجميع الشركات والمجموعات الصناعية ، بالإضافة إلى أصحاب المصلحة الآخرين ، بهدف دمج العمل المشترك وإعلامه.

كمنظمة ، المنتدى لديه سجل حافل في دعم الجهود لاحتواء الأوبئة. في عام 2017 ، في اجتماعنا السنوي ، تم إطلاق التحالف من أجل ابتكارات التأهب للأوبئة (CEPI) - الذي جمع خبراء من الحكومة وقطاع الأعمال والصحة والأوساط الأكاديمية والمجتمع المدني لتسريع تطوير اللقاحات. يدعم CEPI حاليًا السباق لتطوير لقاح ضد هذه السلسلة من الفيروس التاجي.

يمكن لمعظم الناس تسمية بعض الأعراض الرئيسية لـ COVID-19 ، وذلك بفضل التقارير الإعلامية أو - للأسف - التجربة الشخصية. تشمل الأعراض الأكثر شهرة الحمى وضيق التنفس والتعب وآلام العضلات والصداع والسعال المستمر الشائن.

مع معرفة المزيد عن المرض ، نمت قائمة الأعراض. تم اكتشاف فقدان حاسة التذوق والشم (الشيخوخة وفقدان الشم ، على التوالي) روايات متناقلة قبل قبولها من قبل الهيئات الطبية في جميع أنحاء العالم.

قام فريق King’s College مؤخرًا بفحص البيانات من حوالي 1600 شخص مصابين بفيروس COVID-19 المؤكد في المملكة المتحدة والولايات المتحدة. سجل كل منهم الأعراض باستخدام تطبيق خلال شهري مارس وأبريل. تم أيضًا فحص مجموعة بيانات ثانية تضم حوالي 1000 مستخدم للتطبيق من المملكة المتحدة والولايات المتحدة والسويد الذين سجلوا أعراضهم خلال شهر مايو.

يقول الباحثون إنهم تمكنوا من تجميع الأعراض في ستة أقسام ، والتي يقولون إنها يمكن أن تشير إلى مدى مرض المريض.

المجموعات الست المقترحة هي:

1. تشبه الانفلونزا مع عدم وجود حمى: صداع ، فقدان حاسة الشم ، آلام عضلية ، سعال ، إلتهاب الحلق ، ألم في الصدر ، عدم وجود حمى.

2. تشبه الانفلونزا مع الحمى: صداع ، فقدان حاسة الشم ، سعال ، احتقان في الحلق ، بحة في الصوت ، سخونة ، فقدان الشهية للطعام.

3. الجهاز الهضمي: صداع ، فقدان حاسة الشم ، فقدان الشهية للطعام ، إسهال ، إلتهاب الحلق ، ألم في الصدر ، عدم وجود سعال.

4. المستوى الأول الشديد ، التعب: صداع ، فقدان حاسة الشم ، سعال ، سخونة ، بحة في الصوت ، ألم في الصدر ، إرهاق.

5. المستوى الثاني الشديد ، الارتباك: صداع ، فقدان حاسة الشم ، فقدان الشهية للطعام ، سعال ، سخونة ، بحة في الصوت ، ألم في الحلق ، ألم في الصدر ، إرهاق ، ارتباك ، ألم عضلي.

6. المستوى الثالث الشديد ، البطن والجهاز التنفسي: صداع ، فقدان حاسة الشم ، فقدان الشهية ، سعال ، سخونة ، بحة في الصوت ، ألم في الحلق ، ألم في الصدر ، إرهاق ، ارتباك ، ألم عضلي ، ضيق في التنفس ، إسهال ، آلام في البطن.

تمثل الفئات الست مجموعة من صعوبات التنفس. يمكن أن يساعد فهم هذا النطاق في الإدارة السريرية ومطابقة المرضى بالرعاية المناسبة بفعالية وكفاءة.

بتحليل المعلومات المقدمة من المريض حول الأعراض ونتائجها ، يقول فريق البحث إنه بينما تم إدخال 16٪ من مرضى المجموعة 1 إلى المستشفى ، تم إدخال ما يقرب من نصف المرضى في المجموعة 6.

ووجدوا أيضًا أن المرضى في 4 و 5 و 6 يميلون إلى أن يكونوا أكبر سنًا ، وكانوا أكثر عرضة للإصابة بحالات موجودة مسبقًا تتراوح من مرض السكري إلى السمنة.

تم العثور على مجموعة محددة من الأعراض التي أبلغ عنها المريض ليكون مؤشرا محتملا على ما إذا كانوا سيصابون بمرض شديد.

بينما يجب إجراء المزيد من الأبحاث ، يؤكد العمل على أهمية مساهمة المؤسسات في جميع أنحاء العالم في المجموعة الأوسع من المعارف العالمية حول COVID-19.

أثارت أزمة فيروس كورونا مجموعة من التعاون العالمي بما في ذلك منصة عمل COVID من المنتدى الاقتصادي العالمي. حتى الآن ، انضمت أكثر من 350 هيئة عامة وأكثر من 850 منظمة خاصة حول العالم إلى المنصة ، حيث تعاونت في 35 مشروعًا تتراوح من تقديم الرعاية الصحية واللقاحات إلى سلاسل التوريد والدعم الاقتصادي.

يوضح البحث أيضًا قوة التقنيات الجديدة في مساعدة البحث الطبي. قال سيباستيان أورسيلين ، أستاذ هندسة الرعاية الصحية في King's College London وأحد كبار مؤلفي الدراسة: "إن القدرة على جمع مجموعات بيانات كبيرة من خلال التطبيق وتطبيق التعلم الآلي عليها لها تأثير عميق على فهمنا للمدى والتأثير COVID-19 ، وصحة الإنسان على نطاق أوسع. "


أين يمكنني العثور على جينوم لفيروس كورونا سلالة إل وفيروس كورونا سلالة؟ - مادة الاحياء

تم تحديد العامل المسبب لانتشار الالتهاب الرئوي في ووهان ، الصين ، على أنه فيروس كورونا 2 المتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة في يناير 2020. تم تشخيص إصابة مريض في الولايات المتحدة بهذا الفيروس من قبل ولاية واشنطن والمراكز الأمريكية لمكافحة الأمراض والوقاية منها في 20 كانون الثاني (يناير) 2020. قمنا بعزل الفيروس من عينات البلعوم والأنف البلعومي من هذا المريض وتميزنا بالتسلسل الفيروسي وخصائص التكاثر وتطور استنبات الخلايا. وجدنا أن الفيروس يتكاثر إلى عيار عالي في خلايا Vero-CCL81 وخلايا Vero E6 في غياب التربسين. قمنا أيضًا بإيداع الفيروس في مستودعين للفيروسات ، مما جعله متاحًا على نطاق واسع لمجتمعات الصحة العامة والبحث. نأمل أن يؤدي الوصول المفتوح إلى هذا الكاشف إلى تسريع تطوير الإجراءات الطبية المضادة.

تم التعرف على فيروس كورونا المستجد ، متلازمة الالتهاب التنفسي الحاد الوخيم 2 (SARS-CoV-2) ، كمصدر لتفشي الالتهاب الرئوي في ووهان ، الصين ، في أواخر عام 2019 (1,2). تم العثور على الفيروس ليكون عضوًا في عائلة β فيروسات التاجية ، في نفس الأنواع مثل SARS-CoV وفيروسات الخفافيش المرتبطة بـ SARS (3,4). تشير أنماط الانتشار إلى أن SARS-CoV-2 يمكن أن ينتقل من شخص لآخر ، وقد يكون أكثر قابلية للانتقال من SARS-CoV (57). يتوسط بروتين سبايك لفيروسات كورونا في ربط الفيروس ودخول الخلية. يشير التوصيف الأولي لـ SARS-CoV-2 spike إلى أنه يرتبط بنفس المستقبل مثل الإنزيم المحول للأنجيوتنسين SARS-CoV ، والذي يتم التعبير عنه في كل من المسالك التنفسية البشرية العلوية والسفلية (8).

تمثل السرعة غير المسبوقة لانتشار هذا الفاشية حاجة ماسة للكواشف المرجعية. يتطلب مجتمع الصحة العامة أجهزة تحليل فيروسية لتكون بمثابة مراجع تشخيصية ، ويحتاج مجتمع البحث إلى عزلات فيروسية لاختبار المركبات المضادة للفيروسات ، وتطوير لقاحات جديدة ، وإجراء البحوث الأساسية. في هذه المقالة ، نصف عزل SARS-CoV-2 عن مريض مصاب بفيروس كورونا (COVID-19) في الولايات المتحدة ووصفنا التسلسل الجيني وخصائص التكاثر. لقد جعلنا عزل الفيروس متاحًا لمجتمع الصحة العامة عن طريق إيداعه في مستودعات كاشف فيروسي 2.

أساليب

جمع العينات

تم اعتبار عزل الفيروس من عينات المرضى بحثًا عن موضوعات بشرية بواسطة المركز الوطني للتحصين وأمراض الجهاز التنفسي ، ومراكز السيطرة على الأمراض والوقاية منها (تحديد البحث رقم 0900f3eb81ab4b6e). تم جمع العينات السريرية من مريض مصاب بفيروس COVID-19 أثناء السفر إلى الصين وتم التعرف عليه في واشنطن ، الولايات المتحدة الأمريكية ، على النحو الموصوف (1). تم جمع عينات مسحة البلعوم الأنفي (NP) والبلعوم الفموي (OP) في اليوم الثالث من بداية الأعراض بعد ظهور الأعراض ، ووضعت في 2-3 مل من وسط النقل الفيروسي ، وتستخدم للتشخيص الجزيئي ، وتم تجميدها. تم اقتطاع العينات المؤكدة إيجابية PCR وإعادة تجميدها حتى بدء عزل الفيروس.

ثقافة الخلية ، والحد من التخفيف ، وعزل الفيروس

استخدمنا خلايا Vero CCL-81 للعزل والمرور الأولي. قمنا بتربية خلايا Vero E6 و Vero CCL-81 و HUH 7.0 و 293T و A549 و EFKB3 في Dulbecco الوسيط الأساسي الأدنى (DMEM) المضاف إليه مصل بقري جنيني معطل بالحرارة (5٪ أو 10٪) ومضادات حيوية / مضادات الفطريات (GIBCO ، https://www.thermofisher.com). استخدمنا عينات مسحة NP و OP لعزل الفيروس. للعزل ، والحد من التخفيف ، والمرور 1 للفيروس ، قمنا بتقطيع 50 ميكرولتر من DMEM الخالي من المصل في الأعمدة 2-12 من لوحة زراعة الأنسجة 96 بئرًا ، ثم ماصًا 100 ميكرولتر من العينات السريرية في العمود 1 وتم تخفيفه بشكل متسلسل 2 - يطوى عبر اللوحة. قمنا بعد ذلك بتجربة خلايا Vero وتعليقها في DMEM التي تحتوي على 10 ٪ من مصل بقري جنيني ، 2 × بنسلين / ستربتومايسين ، 2 × مضادات حيوية / مضادات الفطريات ، و 2 × أمفوتريسين ب بتركيز 2.5 × 10 5 خلايا / مل. أضفنا 100 ميكرولتر من تعليق الخلية مباشرة إلى تخفيف العينة السريرية وخلطنا بلطف عن طريق الأنابيب. ثم قمنا بتنمية الثقافات الملقحة في حاضنة رطبة 37 درجة مئوية في جو من 5٪ CO2 لوحظ من أجل تأثيرات اعتلال الخلايا (CPEs) يوميًا. استخدمنا مقايسات اللويحات القياسية لـ SARS-CoV-2 ، والتي تستند إلى بروتوكولات SARS-CoV ومتلازمة الشرق الأوسط التنفسية التاجية (MERS-CoV) (9,10).

عندما لوحظت CPEs ، قمنا بكشط الطبقات الأحادية الخلية مع الجزء الخلفي من طرف الماصة. استخدمنا 50 ميكرولتر من المحللة الفيروسية لاستخراج الحمض النووي الكلي للاختبار التأكيدي والتسلسل. استخدمنا أيضًا 50 ميكرولتر من محلول الفيروس لتلقيح بئر من 90 ٪ من صفيحة 24 بئر متكدسة.

اختبار الشمولية / الحصرية

من الآبار التي لوحظت فيها CPEs ، أجرينا اختبارًا تأكيديًا باستخدام النسخ العكسي في الوقت الفعلي PCR (CDC) وتسلسل الجينوم الكامل (1). يستهدف اختبار التشخيص الجزيئي CDC 3 أجزاء من جين nucleocapsid ، ويجب أن تكون النتائج لجميع الأجزاء الثلاثة إيجابية حتى يتم اعتبار العينة إيجابية (https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt- pcr-Detection.html and https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-panel-primer-probes.html). للتأكد من عدم وجود فيروسات تنفسية أخرى ، أجرينا اختبار المسار السريع لمسببات الأمراض التنفسية 33 (تشخيص FTD ، http://www.fast-trackdiagnostics.com).

تسلسل الجينوم الكامل

لقد صممنا 37 زوجًا من PCRs المتداخلة التي تغطي الجينوم على أساس التسلسل المرجعي لفيروس كورونا (GenBank accession no. NC045512). استخرجنا الحمض النووي من العزلات وقمنا بتضخيمه باستخدام 37 تفاعلات تفاعلية متلاصقة فردية متداخلة. استخدمنا أمبليكونات PCR الإيجابية بشكل فردي لتسلسل Sanger اللاحق وقمنا أيضًا بتجميعها لإعداد المكتبة باستخدام مجموعة تسلسل الربط (Oxford Nanopore Technologies ، https://nanoporetech.com) ، لاحقًا لتسلسل Oxford Nanopore MinION. لقد أنشأنا متواليات nanopore إجماعية باستخدام Minimap الإصدار 2.17 (https://github.com) والإصدار 1.9 من Samtools (http://www.htslib.org). لقد أنشأنا تسلسلات إجماع من خلال تسلسل Sanger من كلا الاتجاهين باستخدام إصدار Sequencher 5.4.6 (https://www.genecodes.com) ، وأكدناها أيضًا باستخدام تسلسلات الإجماع الناتجة عن تسلسل nanopore.

لتسلسل مخزون الممر 4 ، قمنا بإعداد مكتبات للتسلسل باستخدام Next Ultra II RNA Prep Kit (New England Biolabs ، https://www.neb.com) وفقًا لبروتوكول الشركة المصنعة. باختصار ، قمنا بتفكيك -70-100 نانوغرام من الحمض النووي الريبي لمدة 15 دقيقة ، متبوعًا بتوليف (كدنا) وإصلاح النهاية وربط المحول. بعد 6 جولات من PCR ، قمنا بتحليل المكتبات باستخدام Agilent Bioanalyzer (https://www.agilent.com) وحددناها باستخدام PCR الكمي. قمنا بتجميع العينات والعينات المتسلسلة باستخدام بروتوكول ذو 75 قاعدة مزدوجة على جهاز Illumina (Illumina، Inc.، https://www.illumina.com) MiniSeq واستخدام مجموعة المخرجات العالية ثم معالجة القراءات باستخدام النسخة Trimmomatic 0.36 (11) لإزالة المكالمات الأساسية منخفضة الجودة وأي تسلسلات للمهايئ. استخدمنا برنامج التجميع de novo ABySS (12) لتجميع القراءات في contigs باستخدام عدة مجموعات مختلفة من القراءات وقيم kmer تتراوح من 20 إلى 40. قمنا بمقارنة قواعد contigs & gt400 مقابل مجموعة النوكليوتيدات للمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (Bethesda ، MD ، الولايات المتحدة الأمريكية) باستخدام BLAST (https: / /blast.ncbi.nlm.nih.gov). كان للعدوى الفيروسية كاملة الطول التي تم الحصول عليها في كل عينة هوية 100٪ لسلالة 2019-nCoV / USA-WA1 / 2020 (انضمام GenBank رقم MN985325.1). تم تعيين جميع contigs المتبقية إما للخلية المضيفة rRNA أو الميتوكوندريا. قمنا بتعيين القراءات المقطوعة للتسلسل المرجعي باستخدام الإصدار 0.7.17 من BWA (13) وتصور هذه القراءات باستخدام عارض الجينوم المتكامل (14) لتأكيد الهوية بسلالة USA-WA1 / 2020.

المجهر الإلكتروني

لقد كشطنا خلايا Vero المصابة من القارورة ، محببًا بطرد مركزي منخفض السرعة ، وشطفنا بمحلول فوسفات 0.1 مول / لتر ، ثم تم تكويره مرة أخرى ، وثبتنا لمدة ساعتين في 2.5٪ من الجلوتارالدهيد المخزن مؤقتًا. ثم قمنا بعد ذلك بإصلاح العينات التي تحتوي على 1٪ رباعي أكسيد الأوزميوم ، وملطخة كتلة بنسبة 4٪ من أسيتات اليورانيل ، ومجففة ، ومدمجة في راتنجات الإيبوكسي. قمنا بقص المقاطع شديدة الرقة ، وصبغناها بنسبة 4٪ من خلات اليورانيل وسيترات الرصاص ، وفحصناها باستخدام مجهر إلكتروني Thermo Fisher / FEI Tecnai Spirit (https://www.fei.com).

تحليل البروتين والنشاف الغربي

لقد حصدنا محلول الخلية باستخدام Laemmli sodium dodecyl sulfate - polyacrylamide electrophoresis sample buffer (Bio-Rad، https://www.bio-rad.com) يحتوي على 2٪ SDS و 5٪ β-mercaptoethanol. أزلنا محلولات الخلايا من مختبر المستوى 3 للسلامة الحيوية ، وقمنا بغليها وتحميلها على هلام بولي أكريلاميد. أخضعنا اللايسات للرحلان الكهربي لهلام دوديسيل كبريتات الصوديوم - بولي أكريلاميد ، متبوعًا بنقلها إلى غشاء فلوريد بولي فينيلدين ثنائي فلوريد متعدد الفينيليدين. قمنا بعد ذلك بسد الغشاء في 5٪ حليب جاف خالي الدسم مذاب في محلول ملحي يحتوي على 0.1٪ توين -20 (TBS-T) لمدة ساعة واحدة ، متبوعًا بغسل قصير باستخدام TBS-T. لقد قمنا باحتضان الغشاء بين عشية وضحاها بالأجسام المضادة الأولية ، إما مصل الأرانب متعدد النسيلة ضد بروتين ارتفاع SARS-CoV (# 40150-T52 Sino Biological ، https://www.sinobiological.com) ، الأجسام المضادة β-actin (# 4970 Cell Signaling Technology ، https://www.cellsignal.com) ، أو مصل الأرانب متعدد النسيلة المخصص ضد نوكليوكابسيد SARS-CoV. قمنا بعد ذلك بغسل الغشاء ثلاث مرات باستخدام TBS-T ووضعنا الجسم المضاد الثانوي المترافق مع بيروكسيداز الفجل لمدة ساعة واحدة. بعد ذلك ، قمنا بغسل الغشاء 3 مرات باستخدام TBS-T ، واحتضانه باستخدام Clarity Western ECL Substrate (# 1705060S Bio-Rad) ، وتم تصويره باستخدام نظام تصوير متعدد الأغراض.

توليد الأجسام المضادة نوكليوكابسيد SARS-CoV

استخدمنا البلازميد pBM302 (15) للتعبير عن بروتين نوكليوكابسيد SARS-CoV ، بعلامة His6 C- الطرفية ، إلى مستويات عالية داخل أجسام إدراج الإشريكية القولونية تمت تنقية البروتين المؤتلف من الأجسام المتضمنة باستخدام كروماتوجرافيا العمود المتقارب للنيكل في ظل ظروف تغيير طبيعة. استخدمنا غسيل الكلى التدريجي ضد المخزن المؤقت لـ Tris / الفوسفات لإعادة طي بروتين Nucleocapsid SARS-CoV المؤتلف بتركيزات متناقصة من اليوريا لإعادة تكوين البروتين. قمنا بعد ذلك بتحصين الأرانب بالبروتين النيوكليوكابسيد SARS-CoV المعاد تكوينه ، كامل الطول ، لتوليد الأجسام المضادة متعددة النسيلة البروتينية متعددة النواقل التي تمت تنقيتها على شكل أرنب مضاد لـ SARS-CoV.

نتائج

شكل 1.تأثير الاعتلال الخلوي الناجم عن فيروس كورونا 2 المتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة من مريض مصاب بفيروس كورونا ، الولايات المتحدة ، 2020. A-C) الفحص المجهري الطوري المتباين لطبقات خلية Vero أحادية الطبقة في 3 أيام بعد التلقيح: A) Mock.

تم التعرف على مريض مصاب بفيروس COVID-19 المؤكد في ولاية واشنطن في 22 يناير 2020. لم يتم ملاحظة CPE في الخلايا المصابة الوهمية (الشكل 1 ، اللوحة أ). عتبة الدورة (Cر) كانت القيم 18-20 لعينات NP و21-22 لعينات OP (1). تم اقتطاع العينات السريرية الإيجابية وإعادة تجميدها في ثقافة الخلية في 22 يناير 2020. لاحظنا CPE 2 أيام postinoculation وحصاد المحللة الفيروسية في اليوم 3 postinoculation (الشكل 1 ، اللوحات B ، C). استخدمنا 50 ميكرولتر من المحلول الفيروسي للمرور 1 لاستخراج الحمض النووي لتأكيد وجود SARS-CoV-2 باستخدام اختبار التشخيص الجزيئي CDC (1). سير كانت قيم 3 مستخلصات من الأحماض النووية 16.0 - 17.1 للجزء 1 من القفازات النووية ، و15.9 - 17.1 للجزء النوكليوكابسيد 2 ، و16.2 - 17.3 للجزء النوكليوكابسيد 3 ، مما أكد عزل SARS-CoV-2 (C).ر & lt40 نتيجة إيجابية). اختبرنا أيضًا مستخلصات لـ 33 من مسببات الأمراض التنفسية المختلفة باستخدام اختبار Fast Track 33. لم يتم الكشف عن مسببات الأمراض الأخرى. تم دعم الهوية بالإضافة إلى ذلك عن طريق الفحص المجهري الإلكتروني الرقيق (الشكل 1 ، اللوحة D). لاحظنا خاصية التشكل والتشكل المميزة لفيروسات كورونا.

استخدمنا عزلات من الممر الأول لعينة OP و NP لتسلسل الجينوم الكامل. أظهرت الجينومات من عينة NP (GenBank accession MT020880) وعينة OP (GenBank accession no. MT020881) هوية 100 ٪ مع بعضها البعض. كما أظهرت العزلات تطابقًا بنسبة 100٪ مع العينة السريرية المقابلة (إدخال GenBank رقم MN985325).

بعد المقطع الثاني ، لم نقم بثقافة عينات OP و NP بشكل منفصل. لقد مررنا بعزل الفيروس مرتين أخريين في خلايا Vero CCL-81 وعايرنا من خلال تحديد الجرعة المعدية بنسبة 50٪ من زراعة الأنسجة (TCID50). كان التتر 8.65 × 10 6 TCID50/ مل للممر الثالث و 7.65 × 10 6 TCID50/ مل في المقطع الرابع.

لقد مررنا بهذا الفيروس في غياب التربسين. يحتوي تسلسل البروتين الشائك لـ SARS-CoV-2 على إدراج RRAR في واجهة S1-S2 التي قد يتم شقها بواسطة furin (16). تحتوي فيروسات إنفلونزا الطيور عالية الإمراض على مواقع انقسام فيورين أساسية للغاية في واجهة بروتين هيماجلوتينين HA1-HA2 التي تسمح بالنضج داخل الخلايا للفيروسات وتكاثر الفيروس بشكل أكثر كفاءة (17). قد يؤدي إدخال RRAR في SARS-CoV-2 وظيفة مماثلة.

الشكل 2. الانتشار الفيروسي والكمي لفيروس كورونا المتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة 2 من مريض مصاب بفيروس كورونا ، الولايات المتحدة ، 2020. أ) تم تحديد مخزونين من ممر الفيروس 4 (دوائر سوداء ورمادية).

قمنا بعد ذلك بإنشاء مخزون مرور رابع من SARS-CoV-2 على خلايا VeroE6 ، وهو خط خلية كلية ريسوس قرد جنيني آخر. قمنا بتسلسل الحمض النووي الريبي الفيروسي من مخزون SARS-CoV-2 مرور 4 وأكدنا أنه لا يحتوي على طفرات نيوكليوتيد مقارنة بالتسلسل المرجعي الأصلي (انضمام GenBank رقم MN985325). تم العثور على أن SARS-CoV ينمو جيدًا على خلايا VeroE6 و MERS-CoV على خلايا Vero CCL81 (18,19). لإنشاء اختبار البلاك وتحديد نوع خلية Vero المفضل للتقدير الكمي ، قمنا بمعايرة مخزوننا 4 على خلايا VeroE6 و VeroCCL81. بعد الإصابة بسلسلة التخفيف ، تم تكرار SARS-CoV-2 في كلا نوعي خلايا Vero ، ومع ذلك ، كانت التتر الفيروسي أعلى قليلاً في خلايا VeroE6 مقارنة بخلايا Vero CCL81 (الشكل 2 ، اللوحة A). بالإضافة إلى ذلك ، كانت اللوحات أكثر وضوحًا ووضوحًا على خلايا Vero E6 (الشكل 2 ، اللوحة B). في وقت مبكر من يومين بعد التلقيح ، أنتجت خلايا VeroE6 لويحات مميزة مرئية من خلال تلطيخها باللون الأحمر المحايد. في المقابل ، أنتجت خلايا Vero CCL81 لويحات أقل وضوحًا وكان من السهل قياسها عن طريق التلوين باللون الأحمر المحايد بعد التلقيح لمدة 3 أيام. على الطبقات الأحادية البلاك الفردية ، أنتجت عدوى SARS-CoV-2 لخلايا Vero E6 CPE مع مناطق إزالة الخلايا (الشكل 2 ، اللوحة C). في المقابل ، تحتوي خلايا Vero CCL81 على مناطق من الخلايا الميتة اندمجت لتشكيل لويحات ، لكن الخلايا لم تتضح. تشير هذه النتائج معًا إلى أن خلايا VeroE6 قد تكون الخيار الأفضل للتضخيم والقياس الكمي ، لكن كلا النوعين من خلايا Vero يدعمان تضخيم وتكرار SARS-CoV-2.

الشكل 3. سلالات الخلايا من مريض مصاب بفيروس كورونا ، الولايات المتحدة ، 2020 ، عرضة للإصابة بفيروس السارس 2 (SARS-CoV-2). أصيبت سلالات الخلايا بتعددية عالية من العدوى (& gt5) ، وغسلت بعد الامتزاز ، و.

نظرًا لبدء البحث لدراسة والاستجابة لـ SARS-CoV-2 ، هناك حاجة إلى معلومات حول خطوط الخلايا والأنواع المعرضة للعدوى. لذلك ، قمنا بفحص قدرة SARS-CoV-2 على العدوى والتكاثر في العديد من سلالات الخلايا البشرية والرئيسية الشائعة ، بما في ذلك خلايا سرطان الغدة البشرية (A549) وخلايا الكبد البشرية (HUH7.0) وخلايا الكلى الجنينية البشرية (HEK- 293T) ، بالإضافة إلى خلايا Vero E6 و Vero CCL81. قمنا أيضًا بفحص خط خلايا الكلى الخفافيش البني الكبير المتاح (EFK3B) لقدرة تكرار SARS-CoV-2. تم تلقيح كل خط خلية بتعددية عالية وفحص 24 ساعة بعد الإصابة (الشكل 3 ، اللوحة أ). لم يلاحظ أي CPE في أي من خطوط الخلايا باستثناء خلايا Vero ، التي نمت إلى & gt10 7 PFU في 24 ساعة بعد الإصابة. في المقابل ، أظهرت خلايا HUH7.0 و 293T تكاثرًا فيروسيًا متواضعًا فقط ، وكانت خلايا A549 غير متوافقة مع عدوى SARS-CoV-2. تتوافق هذه النتائج مع نتائج الحساسية السابقة لـ SARS-CoV وتشير إلى أن أنظمة الاستزراع الشائعة الأخرى ، بما في ذلك خلايا MDCK و HeLa و HEP-2 و MRC-5 والبيض الجنيني ، من غير المرجح أن تدعم تكرار SARS-CoV-2 (2022). بالإضافة إلى ذلك ، لم يتكرر SARS-CoV-2 في خلايا الخفافيش EFK3B ، والتي تكون عرضة لـ MERS-CoV. تشير النتائج معًا إلى أن SARS-CoV-2 يحتفظ بملف تعريف مشابه لـ SARS-CoV من حيث خطوط الخلايا الحساسة.

بعد أن أثبتنا وجود عدوى قوية بفيروس SARS-CoV-2 في عدة أنواع من الخلايا ، قمنا بعد ذلك بتقييم التفاعل المتبادل للأجسام المضادة لـ SARS-CoV ضد SARS-CoV-2. تم فحص محلولات الخلايا من خطوط الخلايا المصابة لتحليل البروتين ووجدنا أن المصل متعدد النسيلة ضد بروتينات السارس والبروتينات النووية السارس تتعرف على SARS-CoV-2 (الشكل 3 ، اللوحات B ، C). يحتفظ بروتين nucleocapsid ، الذي يتم حفظه بشكل كبير عبر مجموعة 2B ، بهوية الأحماض الأمينية بنسبة 90 ٪ بين SARS-CoV و SARS-CoV-2. تمشيا مع نتائج النسخ المتماثل (الشكل 3 ، اللوحة أ) ، أظهر SARS-CoV-2 بروتين نوكليوكابسيد قوي في كلا نوعي خلايا Vero ، وبروتين أقل في خلايا HUH7.0 و 293T ، والحد الأدنى من البروتين في خلايا A549 و EFK3B (الشكل 3 ، لوحة ب). تعرف الجسم المضاد لبروتين السارس- CoV أيضًا على بروتين السارس- CoV-2 ، مما يشير إلى التفاعل المتبادل (الشكل 3 ، اللوحة ج). تمشيا مع SARS CoV ، لوحظت العديد من الأشكال المشقوقة وغير المشقوقة من بروتين ارتفاع SARS-CoV-2. يختلف نمط الانقسام في التحكم الإيجابي في السارس من خلايا Calu3 ، وهو خط خلوي تنفسي ، اختلافًا طفيفًا ويمكن أن يشير إلى اختلافات بين الانقسام المحلل للبروتينات السنبلة بين الفيروسين بسبب الإدراج المتوقع لموقع انشقاق الفورين في SARS-CoV- 2 (16). ومع ذلك ، فإن الاختلافات في نوع الخلية وشروطها تعقد هذا التفسير وتشير إلى الحاجة إلى مزيد من الدراسة في الأنظمة المكافئة. بشكل عام ، تلخص بيانات التعبير عن البروتين من الأجسام المضادة لـ SARS-CoV والأجسام المضادة للبروتين المرتفع نتائج النسخ المتماثل وتشير إلى أنه يمكن استخدام كواشف SARS-CoV لتوصيف عدوى SARS-CoV-2.

الشكل 4. منحنى النمو متعدد الخطوات لفيروس كورونا 2 المتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة من مريض مصاب بفيروس كورونا ، الولايات المتحدة ، 2020. أصيب فيرو CCL81 (أسود) وخلايا HUH7.0 (خضراء) بتعدد.

أخيرًا ، قمنا بتقييم حركية النسخ المتماثل لـ SARS-CoV-2 في منحنى نمو متعدد الخطوات. باختصار ، قمنا بإصابة خلايا Vero CCL-81 و HUH7.0 بـ SARS-CoV-2 بتعدد منخفض للعدوى (0.1) وقمنا بتقييم تكاثر الفيروس كل 6 ساعات لمدة 72 ساعة بعد التلقيح ، مع حصاد منفصل في الخلايا المرتبطة و مقصورات طافية (الشكل 4). على غرار SARS-CoV ، تم تكرار SARS-CoV-2 بسرعة في خلايا Vero بعد مرحلة الكسوف الأولي ، وتحقيق 10 5 TCID50/ مل بحلول 24 ساعة بعد الإصابة ويبلغ ذروته عند & GT10 6 TCID50/ مل. لاحظنا عيارات مماثلة في المقصورات المرتبطة بالخلايا والطاف ، مما يشير إلى خروج فعال. على الرغم من ذروة التتر الفيروسي بحلول 48 ساعة بعد التلقيح ، لم يلاحظ CPE الرئيسي حتى 60 ساعة بعد التلقيح وبلغ ذروته في 72 ساعة بعد التلقيح ، مما يشير إلى أنه يجب حصاد الطبقات الأحادية المصابة قبل ملاحظة ذروة CPE. زاد التكرار في خلايا HUH7.0 أيضًا بسرعة بعد مرحلة الكسوف الأولي ولكن استقرت بعد 24 ساعة في الحجرة داخل الخلايا عند 2 × 10 3 TCID50/ مل وانخفض بعد 66 ساعة بعد تلقيح. لم يتم الكشف عن الفيروس في طاف خلايا HUH7 المصابة حتى 36 ساعة بعد التلقيح وأظهر التتر أقل في جميع النقاط الزمنية (الشكل 4). لم يلاحظ قط CPE الرئيسي في خلايا HUH7.0. تتوافق هذه النتائج مع التقارير السابقة لـ SARS-CoV و MERS-CoV ، والتي اقترحت ديناميكيات تكرار مماثلة بين سلالات CoV الحيوانية المصدر (23,24).

مناقشة

لقد أودعنا معلومات عن السلالة الفيروسية SARS-CoV-2 USA-WA1 / 2020 الموصوفة هنا في مستودع موارد أبحاث الدفاع الحيوي والعدوى الناشئة (https://www.beiresources.org) (مجموعة الثقافة الأمريكية ، https: //www.atcc.org) والمركز المرجعي العالمي للفيروسات الناشئة و Arboviruses ، فرع جامعة تكساس الطبي (https://www.utmb.edu/wrceva) ، ليكون بمثابة سلالة مرجعية لـ SARS-CoV-2 لـ الولايات المتحدة. تم تسلسل فيروس الممر الرابع SARS-CoV-2 ويحافظ على تسلسل نيوكليوتيد مطابق لسلالة السريرية الأصلية من الولايات المتحدة. تجعل هذه الرواسب سلالة الفيروس هذه متاحة لقطاعات الصحة العامة والأكاديمية والصيدلانية المحلية والدولية من أجل البحث الأساسي وتطوير التشخيص واختبار مضادات الفيروسات وتطوير اللقاح. نأمل أن يؤدي الوصول الواسع إلى تسريع تطوير التدابير المضادة والاختبار وتمكين فهم أفضل لقابلية هذا الفيروس الناشئ الجديد وانتقاله.

الدكتور هاركورت عالم ميكروبيولوجي في المركز الوطني للتحصين وأمراض الجهاز التنفسي ، ومراكز السيطرة على الأمراض والوقاية منها ، أتلانتا ، جورجيا. اهتماماتها البحثية هي تكرار فيروس كورونا المستجد واستجابات الأجسام المضادة.

شكر وتقدير

نشكر Mavanur R. Suresh على توفير البلازميد pBM302 ، الذي يعبر عن بروتين السارس النوكليوكابسيد SARS-CoV.

الكاشف الموصوف متاح من خلال مستودع موارد أبحاث الدفاع الحيوي والعدوى الناشئة ، والمعاهد الوطنية للحساسية والأمراض المعدية ، والمعاهد الوطنية للصحة: ​​فيروس كورونا 2 المرتبط بالسارس ، عزل USA-WA1 / 2020 ، NR-52281.

تم دعم هذه الدراسة بمنح من المعهد الوطني للشيخوخة والمعاهد الوطنية للحساسية والأمراض المعدية التابعة للمعاهد الوطنية للصحة (U19AI100625 و R00AG049092 إلى VDM و R24AI120942 إلى SCW و AI99107 و AI114657 إلى SM) وهي جائزة STARs مقدمة من نظام جامعة تكساس إلى VDM معهد العدوى البشرية والمناعة في الفرع الطبي بجامعة تكساس (SM) وتمويل المتدرب المقدم من صندوق زمالة McLaughlin في الفرع الطبي بجامعة تكساس.

مراجع

الأرقام

تاريخ النشر الأصلي: 11 مارس 2020

1 ساهم هؤلاء المؤلفون بالتساوي في هذه المقالة.

2 ساهم هؤلاء المؤلفون الكبار بالتساوي في هذه المقالة.

يرجى استخدام النموذج أدناه لإرسال المراسلات إلى المؤلفين أو الاتصال بهم على العنوان التالي:

ناتالي جيه ثورنبرج ، مركز السيطرة على الأمراض والوقاية منها ، 1600 Clifton Rd NE ، Mailstop H18-6 ، Atlanta GA 30329-4027 ، الولايات المتحدة الأمريكية

أرسل التعليق بنجاح ، شكرا لك على ملاحظاتك.


LG: رسم خرائط الطفرات المتعددة لفيروس كورونا الجديد

مع انتشار فيروس كورونا SARS-CoV-2 في جميع أنحاء العالم ، مما أسفر عن مقتل أكثر من 1.5 مليون شخص خلال العام الماضي ، فقد تحور إلى سبع مجموعات أو سلالات رئيسية ، حيث تكيف مع مضيفيه من البشر.

يعد رسم خرائط وفهم تلك التغييرات على الفيروس أمرًا بالغ الأهمية لتطوير استراتيجيات لمكافحة مرض Covid-19 الذي يسببه.

قال نيكولا سبوريير ، كبير مسؤولي الصحة في جنوب أستراليا: "إن سبب النظر إلى الجينوميات هو محاولة اكتشاف مصدرها ... من حيث محاولة تحديد ما نتوقعه للوباء ، فهذه المعلومات مهمة". بعد تفشي المرض في الولاية في أوائل نوفمبر.

حللت رويترز أكثر من 185000 عينة جينوم من المبادرة العالمية لمشاركة جميع بيانات الإنفلونزا (GISAID) ، وهي أكبر قاعدة بيانات لتسلسل جينوم الفيروس التاجي الجديد في العالم ، لإظهار كيف تغيرت الهيمنة العالمية للسلالات الرئيسية بمرور الوقت.

السلالة الأصلية ، التي تم اكتشافها في مدينة ووهان الصينية في ديسمبر 2019 ، هي السلالة L. ثم تحور الفيروس إلى سلالة S في بداية عام 2020. تبع ذلك سلالتان V و G. تحورت السلالة G بشكل أكبر إلى سلالات GR و GH و GV. تم تجميع العديد من الطفرات النادرة الأخرى معًا على أنها سلالة O.

الطفرة هي تغيير في المادة الجينية للكائن الحي. عندما يصنع فيروس ملايين النسخ من نفسه وينتقل من مضيف إلى آخر ، فليست كل نسخة متطابقة. تتراكم هذه الطفرات الصغيرة مع انتقال الفيروس - ويتم نسخها مرارًا وتكرارًا.

في وقت سابق من الوباء ، شق الفيروس طريقه بسرعة نسبيًا في جميع أنحاء العالم ، حيث تم تقديمه بشكل متكرر إلى مواقع مختلفة وأدى إلى تفشي المرض بشكل منتظم. خلال ذلك الوقت ، كان هناك مزيج أكثر تنوعًا من السلالات بين العينات التي تم إبلاغ GISAID بها.

عندما بدأت البلدان في إغلاق حدودها ، تم إدخال عدد أقل من السلالات الجديدة ، وفي البلدان التي توجد فيها سلالات من النوع G الأكثر مرونة ، بدأت في الهيمنة.

في آسيا ، استمرت سلالة L الأصلية لفترة أطول حيث سارعت العديد من البلدان ، بما في ذلك الصين ، إلى إغلاق الحدود وتقليص الحركة. في المقابل ، لم تقيد أمريكا الشمالية وأوروبا الحركة بنفس القدر ، على الأقل في البداية ، مما سمح لسلالات G بالانتشار - والتحول - بوتيرة أسرع.

قالت كاثرين بينيت ، رئيسة علم الأوبئة في كلية الصحة بجامعة ديكين في ملبورن: "ينتقل هذا الفيروس في أحداث فائق الانتشار ، مما يعني أن الفيروس لا يجب أن يكون معديًا بشكل خاص". "سنرى أنماطًا مختلفة بسبب الانتقال العنقودي."

سلالات G هي السائدة الآن في جميع أنحاء العالم. أصبحت طفرة واحدة محددة ، D614G ، هي البديل الأكثر شيوعًا.

أحدث طفرة ظهرت هي سلالة GV ، والتي تم عزلها حتى الآن عن أوروبا حيث يقول الخبراء إنه من غير الواضح ما إذا كانت السلالة تنتشر بسبب أي ميزة انتقال أو لأنها أثرت على الشباب الناشطين اجتماعيًا والسائحين خلال فصل الصيف.

لقد تحور فيروس SARS-CoV-2 ببطء حتى الآن ، مما يسمح للعلماء وصانعي السياسات بمتابعة تقدمه.

ومع ذلك ، انقسم العلماء حول الآثار المترتبة على بعض الطفرات. أفاد بعض الخبراء أن الاختلاف D614G جعل الفيروس أكثر قابلية للانتقال ، لكن دراسات أخرى تناقض ذلك.

في كلتا الحالتين ، لم تسفر التغييرات حتى الآن عن سلالات من المحتمل أن تكون مقاومة للقاحات قيد التطوير.

ومع ذلك ، فإن الخبراء الذين شاهدوا الإنفلونزا وفيروس نقص المناعة البشرية يتحوران على مدار سنوات ، متهربين من اللقاحات ، يحذرون من أن الطفرات المستقبلية لـ SARS-CoV-2 لا تزال غير معروفة. وأفضل طريقة لتجنب التغييرات التي تجعل الفيروس منيعًا للقاح هو الحد من انتشاره وتقليل فرص التحور.

"إذا تغير الفيروس بشكل كبير ، وخاصة البروتينات الشوكية ، فقد يفلت من اللقاح. قال ديكين بينيت: نريد إبطاء الإرسال على مستوى العالم لإبطاء الساعة. "هذا يقلل من فرص حدوث تغيير واحد في المربع ، وهذا خبر مروع بالنسبة لنا."


4. الإرسال وعلم الأمراض

4.1 طريقة الدخول إلى الخلية

من الموثق جيدًا أن SARS-CoV و HCoV-NL63 يستخدمان نفس المستقبل ، الإنزيم المحول للأنجيوتنسين (ACE) -2 ، للدخول إلى الخلية المضيفة [41 ، 42]. ومع ذلك ، فإن العواقب التالية للدخول مختلفة تمامًا عن فيروس سارس يسبب ضائقة تنفسية شديدة ، في حين أن فيروس التهاب الكبد الوبائي (HCoV-NL63) قد يؤدي إلى عدوى تنفسية خفيفة. يُعزى ذلك إلى قدرة كل بروتين مرتبط بمستقبلات الفيروس ، سبايك أو بروتين S ، على الارتباط بـ ACE-2 على سطح الخلية. وجد أن بروتين HCoV-NL63 S له تفاعل أضعف مع ACE-2 من بروتين SARS-CoV S. قد يفسر هذا التفاعل المنخفض التقارب مع الإنزيم المحول للأنجيوتنسين 2 جزئيًا العواقب المرضية المختلفة للعدوى بفيروس SARS-CoV و HCoV-NL63 [43].

ومع ذلك ، من المتوقع أن تتطور الإمراضية العالية مع فيروسات كورونا. أما بالنسبة لفيروس HCoV-NL63 ، فإن إمكانية تطوير متغير الفيروس المؤتلف عالية بسبب انتشاره المرتفع وإمكانية حدوث إعادة التركيب من خلال العدوى المشتركة [24]. علاوة على ذلك ، يمكن للفيروس أن يعيش لمدة تصل إلى سبعة أيام في محلول مائي وإفرازات تنفسية ويظل معديًا في درجة حرارة الغرفة. في المناطق المكتظة بالسكان ، يعتبر الانتقال المباشر من شخص لآخر هو الطريق الرئيسي لانتشار HCoV-NL63 [42 ، 44].

4.2 الوقوع الموسمي

ثبت أن الفيروس ينتشر في جميع أنحاء العالم ولوحظ بشكل أساسي في فصل الشتاء في المناخات المعتدلة. من ناحية أخرى ، أظهرت البلدان ذات الطقس المتطرف ، مثل كندا ، نشاطًا فيروسيًا في الفترة من يناير إلى مارس ، على الرغم من الإبلاغ عن أعراض أكثر اعتدالًا [45]. ومن المثير للاهتمام ، أنه تم الإبلاغ عن تغيرات موسمية في الصين حيث ظهرت العدوى بفيروس HCoV-NL63 بشكل رئيسي في فصلي الربيع والصيف [26]. كما أن دراسة حديثة لفيروسات كورونا في تايلاند لم تظهر أي ميل موسمي [46] ، بينما لم تظهر دراسة وو وآخرون. (2007) ذكر أن الفيروس يتم اكتشافه خلال فصل الخريف في تايوان [47]. من الواضح أن الفيروس ليس لديه ميل لموسم معين ولا يتأثر بتغيرات درجات الحرارة حيث يمكن أن تحدث العدوى على مدار العام (الجدول & # x200B 1 1 ).

الجدول 1

الخصائص الوبائية والديمغرافية والسريرية والفيروسية لعدوى فيروس التهاب الكبد الوبائي (HCoV-HCOV-NL63)

دولةنوع العينةطريقة الكشفالانتشار الموسمينوع الدراسةعدد المرضى المشاركين في الدراسة (حجم العينة)سنالإصابة بفيروس HCoV-NL63العدوى المشتركةأعراضالحكام.
أستراليامسحة من الحلق والأنفRT-PCRشتاءعلى أساس المجتمع234& # x0003e 5 سنوات3.3%اختصار الثانيخفيف لا خناق ، لا التهاب قصيبات[54]
بلجيكاNRRT-PCRالشتاء (يناير- فبراير)المرضى في المستشفىNRمتغير (6 حالات أقل من سنتين)2.3%غائبحمى ، سعال ، أزيز ، ضيق في التنفس ، إسهال[28, 88]
كندامسحة الحلق ، مسحة البلعوم ، تشريح الرئةRT-PCRالشتاء (يناير - مارس)مرضى التهابات الجهاز التنفسي الحادة525شهر واحد - 100 عام3.6٪ (13 ذكور و 6 إناث)غائبالحمى والتهاب الأنف والسعال والتهاب الحلق والتهاب القصيبات[45]
فرنساNRRT-PCRالشتاء (فبراير)المرضى في المستشفى من أجل التهابات الجهاز التنفسي الحادة300متغير (18 حالة أقل من عامين)9.3%غائبالحمى والتهاب الأنف والتهاب القصيبات ومشاكل الجهاز الهضمي والتهاب الأذن والتهاب البلعوم والتهاب الملتحمة[29]
ألمانياإفرازات البلعوم الأنفيالوقت الحقيقي RT-PCRشتاءعلى أساس السكان (المرضى الداخليون + مرضى العيادات الخارجية)949& # x0003c 3 سنوات5.2%الحاليالتهاب الشعب الهوائية الخانقي التهاب القصيبات[52, 53]
الصين وهونغ كونغنضح البلعوم الأنفيRT-PCRالربيع و الصيفالمرضى في المستشفى لعلاج التهابات الجهاز التنفسي الحادة5876-57 شهرًا2.6%الحاليحمى الخناق ، طفح جلدي ، التهاب الحلق ، سعال ، التهاب الأنف ، ضيق في التنفس ، بحة في الصوت ، نوبات ربو ، نوبات صرع[26]
إيطاليانضح البلعوم الأنفيRT-PCRالشتاء (ديسمبر - فبراير)الرضع في المستشفى لعلاج التهابات الجهاز التنفسي الحادة150& # x0003c2 عام1.86%الحاليالتهاب القصيبات الالتهاب الرئوي تشنج قصبي الصفير التهاب الأنف التهاب القصيبات التهاب الحنجرة[51]
اليابانNRRT-PCRكانون الثاني آذارNR419NR5 حالاتاختصار الثانياختصار الثاني[49]
كوريانضح البلعوم الأنفيRT-PCRأبريل مايوالأطفال المصابون بعدوى الجهاز التنفسي السفلي515 1.6%25%حمى ، حشرجة صفير عند التنفس الخناق Pneuminia تفاقم الربو[71]
تايواننضح البلعوم الأنفيRT-PCR الكميالذروة في أكتوبرالمرضى في المستشفى لعلاج التهابات الجهاز التنفسي الحادة539& # x0003c 3 سنوات1.3%الحاليحمى وسعال وخناق وستريدور[47]
تايلاندنضح البلعوم الأنفيRT-PCRالخريفالمرضى في المستشفى الذين يعانون من الالتهاب الرئوي + المرضى الخارجيين المصابين بأمراض شبيهة بالأنفلونزا18901 شهر - 65 سنة7/734 (السنة الأولى) 1/1156 (السنة الثانيةالحاليسعال ، حمى ، ستريدور ، خناق[46]
جنوب أفريقيامسحة أنفRT-PCRNRاختصار الثاني238متوسط ​​العمر = 12.4 شهرًا8.3%الحاليصفير[89]
سويسرامسحة البلعوم الأنفيRT-PCRالأشهر الباردةمرضى العيادات الخارجية82حديثي الولادة (أقل من سنة)7%اختصار الثانيسعال ، أزيز ، حمى ، التهاب الأنف ، التهاب الأذن ، التهاب اللوزتين[60]
السويدنضح البلعوم الأنفيRT-PCRNRمرضى Oupatients (الأطفال الذين يحضرون إلى قسم الأطفال)212اختصار الثاني6%اختصار الثانياختصار الثاني[90]
الولايات المتحدة الأمريكيةعينات الجهاز التنفسيRT-PCRفي الغالب من يناير إلى فبرايركل من المرضى المتنقلين والمقيمين في المستشفى لعلاج التهابات الجهاز التنفسي الحادة895& # x0003c 5 سنوات8.8%الحاليسعال ، رينو ، تسرع النفس ، حمى ، أصوات تنفس غير طبيعية ، نقص الأكسجة[91]

4.3 انتشار

تمثل فيروسات كورونا البشرية عددًا كبيرًا من حالات الاستشفاء للأطفال دون سن 18 عامًا وكبار السن والأفراد الذين يعانون من نقص المناعة. في الواقع ، أظهرت دراسة مدتها عام واحد على الأطفال في المستشفى في هونغ كونغ (الصين) أن عدوى الجهاز التنفسي بفيروس كورونا تمثل 4.4٪ من جميع حالات الإصابة بعدوى الجهاز التنفسي الحادة. من بين هؤلاء ، كان HCoV-NL63 هو الفيروس التاجي الأكثر شيوعًا الذي تم تحديده بنسبة 2.6٪ [48]. علاوة على ذلك ، أظهرت دراسة في اليابان أنه من بين 419 عينة تم اختبارها سلبية لفيروسات الجهاز التنفسي الشائعة ، كانت خمس (1.2 ٪) إيجابية لفيروس كورونا البشري HCoV-NL63 [49]. أشار تقرير ياباني آخر إلى أنه من بين 118 عينة مسحة من البلعوم الأنفي تم الحصول عليها من أطفال في المستشفى تقل أعمارهم عن عامين ، كانت ثلاثة (2.5٪) إيجابية لفيروس HCoV-NL63 [50].

في أوروبا ، لوحظ ارتفاع معدل الانتشار. في إيطاليا ، أظهرت دراسة أجريت على 322 رضيعًا يعانون من أمراض الجهاز التنفسي الحادة أن 8.7٪ من الحالات التي تم فحصها كانت ناجمة عن فيروسات كورونا ، وكان HCoV-NL63 يمثل 21.4٪ من الحالات الأخيرة [51]. في فرنسا ، تم فحص 300 عينة تنفسية لوجود HCoV-NL63 من 300 عينة ، 28 (9.3٪) كانت إيجابية [29]. وبالمثل ، تم الإبلاغ عن سبع حالات في دراسة لمدة عام واحد في بلجيكا [28]. ومن المثير للاهتمام أن المجموعة الهولندية التي وصفت الفيروس لأول مرة حصلت على 949 عينة من مجموعة ألمانية أجرت دراسة سكانية حول عدوى الجهاز التنفسي السفلي لدى الأطفال دون سن الثالثة [52] وأعادت المجموعة تحليل العينات واكتشفت 5.2٪ نسبة حدوث HCoV-NL63 [53]. في أستراليا ، تم اكتشاف الفيروس في ملبورن ، حيث أظهرت دراسة أجريت على 543 مريضًا يعانون من أعراض تنفسية 18 حالة (3.3٪) من الإصابة بفيروس كورونا البشري HCoV-NL63 [54]. علاوة على ذلك ، في الولايات المتحدة الأمريكية وكندا ، تم الإبلاغ عن الفيروس في 79 (8.8٪) من 895 و 19 (3.6٪) من أصل 525 مريضًا ، على التوالي.

حاليًا ، تعرقل دقة النسبة المئوية للكشف مشكلتان رئيسيتان: أولاً ، مدى ملاءمة العينات التي تم فحصها: أظهرت دراسة حديثة أن هناك اختلافات بين عينات الجهاز التنفسي التي تم جمعها بواسطة مسحات الأنف / الحلق والشفط البلعومي ، وتحديداً فيما يتعلق قدرتها على اكتشاف وتحديد مسببات الأمراض التنفسية [55]. المشكلة الثانية هي أن الاختبارات التشخيصية لفيروس التهاب الكبد الوبائي لا تستخدم بشكل متكرر في الاختبارات الروتينية للفيروسات ، مما قد يؤدي إلى التقليل من تقدير النسبة المئوية للعدوى بفيروس التهاب الكبد الوبائي بشكل كبير [56]. علاوة على ذلك ، على مر السنين ، تم استخدام عدة طرق ذات حساسية متغيرة لتحديد مدى الإصابة بالفيروس [57-59].

4.4 العدوى المشتركة

أبلغت العديد من المجموعات أن حدوث عدوى مشتركة مع فيروس HCoV-NL63 وفيروسات الجهاز التنفسي الأخرى ، بما في ذلك فيروسات كورونا البشرية الأخرى ، وفيروس الأنفلونزا أ ، والفيروس المخلوي التنفسي (RSV) ، وفيروس الإنفلونزا ، والفيروس المشيط البشري (hMPV) ، شائعة [26 ، 30 ، 46 ، 47 ، 51 ، 53 ، 54 ، 60 ، 61]. أيضًا ، من المرجح أن يتم إدخال المرضى المصابين بالعدوى المشتركة إلى المستشفى ، مما يشير إلى شدة هذا النوع من العدوى. في دراسة من ألمانيا ، كان RSV-A و HCoV-NL63 أكثر أنواع العدوى المشتركة شيوعًا في الأطفال الذين تقل أعمارهم عن ثلاث سنوات. ربما يرجع هذا إلى ارتفاع معدل الإصابة بفيروس RSV-A في الشتاء والتداخل في موسمية الفيروسات [53]. أيضًا ، في إيطاليا ، ينتشر فيروس HCoV-NL63 كمزيج من السلالات المتغيرة وغالبًا ما يرتبط بالعدوى الفيروسية الأخرى [30]. في جنوب إفريقيا ، تم الإبلاغ عن إصابة مرضى بفيروس HCoV-NL63 وفيروس بوكا بين الأطفال في المستشفيات. تم فحص عينات غسيل البلعوم الأنفي والقصبات الهوائية من 341 مريضًا بحثًا عن فيروسات الجهاز التنفسي الشائعة ، وتم الإبلاغ عن التواجد المشترك لـ HCoV-NL63 والفيروس bocavirus في عينة واحدة على الأقل [62].

ومن المثير للاهتمام ، أن الحمل الفيروسي لـ HCoV-NL63 أقل في المرضى المصابين بالعدوى المشتركة مقارنة بالمرضى المصابين بفيروس HCOV-NL63 فقط. هناك تفسيرات مختلفة محتملة لهذه الظاهرة [53]:

قد يكون فيروس HCoV-NL63 هو العدوى الأولية التي تضعف جهاز المناعة بدرجة تكفي للعدوى الثانية للحصول على موطئ قدم. بحلول الوقت الذي تظهر فيه الأعراض على هذه العدوى الثانية ، ربما تكون عدوى HCoV-NL63 قد تم بالفعل السيطرة عليها من قبل الجهاز المناعي المضيف ،

قد يتنافس الفيروسان على نفس المستقبل أو الخلية المستهدفة في أعضاء الجهاز التنفسي ،

قد يؤدي التنشيط المرتفع للاستجابة المناعية الفطرية التي يسببها فيروس الجهاز التنفسي الثاني إلى تثبيط HCoV-NL63 أو ،

الثبات المطول لـ HCoV-NL63 عند مستويات منخفضة.

يزيد معدل انتشار العدوى المشتركة لـ HCoV-NL63 وفيروسات الجهاز التنفسي الأخرى من فرص إعادة التركيب الجيني مع هذه الفيروسات البشرية أو المنقولة عن طريق الحيوانات. في الواقع ، Pryc وآخرون. (2006) تنص على أن HCoV-NL63 نتج عن حدث إعادة التركيب بين PEDV وسلالة أسلاف HCoV-NL63. من الناحية النظرية ، يمكن أن تؤدي هذه الأنواع من أحداث إعادة التركيب إلى ظهور متغيرات فيروسية شديدة الإمراض [24].

4.5 المظاهر السريرية

أشارت الأدلة العلمية والسريرية الحديثة إلى أن الفيروس يتم العثور عليه أثناء التهابات الجهاز التنفسي العلوي والسفلي ، مما يسبب أعراضًا وعلامات لا تختلف اختلافًا كبيرًا عن الأعراض الموصوفة للفيروسين `` القديمين '' HCoV-229E و HCoV-OC43. لا تزال مشاركة الأنظمة الأخرى مثيرة للجدل [63].

طاولة & # x200B 1 1 يُظهر أن المرضى الذين تم تشخيص إصابتهم بالفيروس قد ظهرت عليهم أعراض خفيفة ، مما يشير إلى إصابة الجهاز التنفسي العلوي مثل الحمى والسعال وسيلان الأنف. من ناحية أخرى ، من المعروف أيضًا أن المرض يسبب عدوى أكثر خطورة في الجهاز التنفسي السفلي. أحد أكثر الأعراض المقلقة هو التهاب القصيبات ، وهو التهاب في الأغشية المبطنة للقصيبات. تم الإبلاغ عن هذه الأعراض من قبل العديد من المجموعات البحثية [25 ، 50 ، 64] ، وعلى الرغم من أن الدراسة القائمة على السكان في الصين لم تبلغ عن وجود ارتباط بين HCoV-NL63 والتهاب القصيبات [26] ، إلا أنه لا يزال يُعتقد أنها واحدة من العارضين. أعراض. ربطت عدة مجموعات بحثية فيروس HCoV-NL63 بالخناق [26 ، 53]. يصاب أطفال المجموعة بالتهاب الحلق والتهاب الحلق وبحة الصوت ، ويُنظر إليهم في المستشفى. من بين النتائج النادرة ، أبلغت مجموعة عن وجود ارتباط بين HCoV-NL63 ومرض كاواساكي ، وهو شكل من أشكال التهاب الأوعية الدموية في مرحلة الطفولة والذي يتم تقديمه على شكل حمى ، طفح متعدد الأشكال ، حمامي فموية بلعومية والتهاب الملتحمة الثنائي [65]. ومع ذلك ، أخفق آخرون في الإبلاغ عن هذا الارتباط [66 ، 67].

من الجدير بالذكر أن تقرير الأعراض عند الأطفال الصغار ، الذين يمثلون غالبية المرضى ، يستند بشكل أساسي إلى ملاحظات الوالدين ، حيث لا يتعرف الوالدان على العلامات والأعراض الشخصية المحتملة الأخرى. علاوة على ذلك ، أجريت معظم الدراسات على المرضى الذين أبلغوا إلى المستشفيات الذين يعانون من عدوى الجهاز التنفسي الحادة. حتى الآن ، لا يوجد سوى عدد قليل من الدراسات القائمة على السكان ويطرح السؤال عما إذا كانت أعداد أكبر من هذه الدراسات قد تكشف عن مشاركة أجهزة الجسم الأخرى.


يحدد العلماء سلالة الفيروس الثانية

مع تفاقم أزمة فيروس كورونا العالمي ، وجد باحثون صينيون أن الفيروس قد تحور إلى سلالة أكثر عدوانية.

مع انتشار فيروس كورونا في العالم ، نبدد الخرافات حول الحماية والوقاية ونسلط الضوء على الأشياء الرئيسية التي يمكن أن تساعدك على البقاء آمنًا.

مع انتشار فيروس كورونا في العالم ، نبدد الخرافات حول الحماية والوقاية ونسلط الضوء على الأشياء الرئيسية التي يمكن أن تساعدك على البقاء آمنًا.

وجد باحثون في الصين أن فيروس كورونا القاتل قد تحور إلى سلالة ثانية. الصورة: STR / AFP المصدر: وكالة فرانس برس

مع تفاقم أزمة فيروس كورونا العالمي ، وجدت مجموعة من العلماء الصينيين أن المرض الفتاك تطور إلى سلالتين مسؤولتين عن تفشي المرض العالمي.

في دراسة جديدة نشرت في مراجعة العلوم الوطنيةاقترح الباحثون أنه بعد انتقال الفيروس إلى البشر ، تطورت السلالة الأصلية إلى نوع ثان وكلاهما ينتشر الآن.

يأتي هذا الاكتشاف في الوقت الذي يستمر فيه عدد الحالات المؤكدة في جميع أنحاء العالم في الزيادة ، مما دفع الحكومات إلى إغلاق المدارس وإلغاء الصلاة ، وإصابة المتسوقين بالذعر لمسح أرفف السوبر ماركت من المواد الأساسية.

على الرغم من الحاجة إلى مزيد من البحث ، فإن الدراسة الأولية التي أجريت في جامعة بكين وكلية علوم الحياة ومعهد باستور في شنغهاي تلقي بعض الضوء على كيفية تطور المرض.

وجد العلماء الصينيون أن فيروس كورونا الجديد يحتوي على سلالتين ، يظهر النوع الأكثر عدوى اختلافًا كبيرًا مع فيروس الخفافيش التاجي ومن غير المرجح أن يكون مصدره فيروس البنغول التاجي قد انتشر مرة واحدة في مقاطعة قوانغدونغ ، وفقًا لدراسة جديدة pic.twitter.com/u5s1rHnr4y

& mdash People & # 39s Daily ، الصين (PDChina) 4 مارس 2020

حلل العلماء 103 جينوم لفيروس كورونا وحددوا الطفرات في 149 موقعًا عبر السلالات. وجدوا أن نوعًا واحدًا ، والذي أطلقوا عليه اسم & # x201CL & # x201D النوع ، كان أكثر عدوانية من الآخر & # x2013 ويمثل 70 في المائة من الحالات التي قاموا بتحليلها.

يبدو أن السلالة الأقل عدوانية ، والتي تم تحديدها على أنها & # x201CS & # x201D ، هي سلف السلالة الأكثر انتشارًا. بينما وجد أن السلالة & # x201CL & # x201D لها وجود أعلى عندما بدأ تفشي المرض لأول مرة في ووهان ، فقد بدأت تهدأ في أوائل يناير ، حيث ازداد الآن النوع & # x201CS & # x201D.

اقترحت الدراسة أن هذا قد يكون بسبب الاندفاع في علاج المرضى المصابين بسلالة & # x201CL & # x201D ، التي يسهل اكتشاف أعراضها.

& # x201C إذا كان النوع L أكثر عدوانية من النوع S ، فلماذا انخفض التردد النسبي للنوع L مقارنة بالنوع S في أماكن أخرى بعد الاختراق الأولي في ووهان؟ & # x201D سأل الباحثون.

قال التقرير إن الإجراءات بعد وقت قصير من اكتشاف تفشي المرض في الصين في ديسمبر قد تكون غيرت وفرة كل نوع. ربما تكون الحكومات المركزية والمحلية الصينية & # x2019 تدابير الاحتواء الصارمة ، بما في ذلك إغلاق المدن وحظر السفر ، قد حدت من انتشار النوع & # x201CL & # x201D.

ومع ذلك ، قد يكون هذا قد أدى إلى زيادة & # x201Cfrequency & # x201D من السلالة الأقل عدوانية ، بعد أن وجدت الأدلة أن الفيروس التاجي يمكن أن ينتشر قبل ظهور الأعراض.

& # x201C نحن الآن على يقين من أن هناك احتمال أن ينقل الناس هذا الفيروس قبل أن تظهر عليهم الأعراض ، وقال نائب كبير المسؤولين الطبيين الأستراليين ، البروفيسور بول كيلي.

& # x201C هذا تغيير كبير في ما نفهمه عن الفيروس وقد أدى إلى بعض الطرق المختلفة التي نتعامل بها مع قضايا الصحة العامة. & # x201D

قال الباحثون إن هناك حاجة لدراسات متابعة لتكوين فهم أفضل للفيروس وتطوره وانتشاره.

& # x201C هذه النتائج تدعم بقوة الحاجة الملحة لمزيد من الدراسات الفورية والشاملة التي تجمع بين البيانات الجينومية والبيانات الوبائية وسجلات الرسوم البيانية للأعراض السريرية للمرضى المصابين بمرض فيروس كورونا 2019 ، وكتب المؤلفون.

وقال خبراء لم يشاركوا بشكل مباشر في الدراسة إن نتائجها مثيرة للاهتمام لكنهم حذروا من استخلاص استنتاجات مؤكدة من مثل هذا البحث الأولي.

تم تأكيد أكثر من 95000 حالة إصابة بالمرض في جميع أنحاء العالم وتوفي أكثر من 3000 شخص ، مع تجاوز إيطاليا الصين في عدد الإصابات اليومية الجديدة لأول مرة منذ انتشار الفيروس.

من المرجح أن تنضم إيطاليا ، التي كانت الدولة الأوروبية الأكثر تضررًا من تفشي المرض حتى الآن ، إلى الصين وإيران على قائمة الدول التي يُحظر على الأستراليين السفر إليها.

حاليًا ، طُلب من الأستراليين العائدين من إيطاليا الحجر الصحي الذاتي إذا كانوا يعملون في قطاع الرعاية الصحية أو رعاية المسنين.

ومع ذلك ، الآن بعد أن أصبحت امرأة تبلغ من العمر 95 عامًا في أستراليا ثاني شخص يموت من الفيروس التاجي & # x2013 ويزداد عدد الحالات على الصعيد الوطني إلى 50 & # x2013 من المرجح أن يتم اتخاذ تدابير أكثر صرامة.

بينما يتخذ الأستراليون إجراءات يائسة للاستعداد لاحتمال الإعلان عن وباء عالمي ، قال رئيس الوزراء سكوت موريسون يوم الثلاثاء إنه يجب على الناس ممارسة حياتهم بطريقة & # x201Ccalm & # x201D.

& # x2011 يجب على الأستراليين الاستمرار في ممارسة حياتهم بطريقتهم الطبيعية وممارسة الفطرة السليمة بنفس الطريقة التي تفعل بها خلال فصل الشتاء القاسي ، حيث قد يكون هناك تفشي للإنفلونزا أو شيء من هذا القبيل ، & # x201D the PM قالت.


إنفوجرافيك: التاريخ التطوري لفيروس كورونا COVID-19

حللت رويترز أكثر من 185000 عينة جينوم من المبادرة العالمية لمشاركة جميع بيانات الإنفلونزا (GISAID) ، وهي أكبر قاعدة بيانات لتسلسل جينوم الفيروس التاجي الجديد في العالم ، لإظهار كيف تغيرت الهيمنة العالمية للسلالات الرئيسية بمرور الوقت.

يظهر التحليل أن هناك حاليًا سبع سلالات رئيسية من الفيروس. السلالة الأصلية ، التي تم اكتشافها في مدينة ووهان الصينية في ديسمبر 2019 ، هي السلالة L. ثم تحور الفيروس إلى سلالة S في بداية عام 2020. تبع ذلك سلالتان V و G. تحورت السلالة G بشكل أكبر إلى سلالات GR و GH و GV.

يوضح الرسم البياني [أدناه] كيف اختفت سلالة L الأصلية تقريبًا ، تاركة سلالات G مهيمنة في المرحلة الحالية من الوباء. هذا مهم لأن سلالات G تشتمل على طفرة واحدة تسهل على البروتينات الشوكية الموجودة في SARS-CoV-2 الارتباط بالمستقبلات الموجودة على الخلايا البشرية ، مما قد يزيد من فرص العدوى وانتقال الفيروس.


هناك نوعان من سلالات COVID-2019 ، لكن هل إحداهما أكثر فتكًا من الأخرى؟

في 3 مارس 2020 ، نشر الدكتور Xiaolu Tang وزملاؤه في جامعة بكين ومؤسسات أخرى دراسة في مراجعة العلوم الوطنية التي أحدثت ضجة في عالم مشغول بالانتشار الحتمي لمرض فيروس كورونا الجديد 2019 (COVID-2019). من الحالات التي تم تحديدها في الصين والخارج ، حدد هو وزملاؤه اثنين سلالات مميزة من الفيروس.

وفقًا للدراسة ، التي يمكنك قراءتها هنا ، فإن ما يسمى بـ S-Strain هو السلالة الأصلية "السلفية" للمرض الذي تحور من فيروس كورونا ينتقل بين الخفافيش. أما الثانية ، وهي L-Strain ، على سبيل المقارنة ، فقد تطورت من S-Strain ولكن يبدو أنها تنتشر بسرعة أكبر لأنها سادت في الحالات المبكرة من المرض الذي تم تحديده في ووهان.

ولكن في تطور ، عندما قام بتحليل مجموعة عينات لاحقة أوسع ، وجد أن النوع S الأقدم يبدو أنه ينتشر بشكل متكرر أكثر مما كان عليه في التفشي الأولي.

في هذه المقالة سوف نتعمق في سبب حدوث ذلك وأيضًا لماذا يحذر الخبراء من أنه من غير الواضح أن الاختلافات بين السلالتين كبيرة.

الفيروسات المتحولة

COVID-2019 هو أحد فيروسات الحمض النووي الريبي ، مما يعني أنه يستخدم الحمض النووي الريبي لتشفير مادته الجينية بدلاً من الحمض النووي. تميل فيروسات الحمض النووي الريبي ، التي تشمل فيروسات مثل الإيبولا والإنفلونزا وداء الكلب وحتى نزلات البرد ، إلى التحور بشكل متكرر للغاية لأن إنزيمات البوليميراز المستخدمة في التكاثر ليست جيدة في "تصحيح الأخطاء المطبعية" عند نسخ الشفرة الجينية. تجعل الطفرات المستمرة فيروسات الحمض النووي الريبي هدفًا متحركًا يتطلب سنويًا لقاحات جديدة للشفاء.

ومع ذلك ، هذا يعني أنه ليس من الملحوظ في جوهره أن هناك بالفعل سلالات متعددة من COVID-2019 تنتشر وفقًا للعلماء. علاوة على ذلك ، فإن الطفرات تقطع كلا الاتجاهين - فهي يمكن أن تجعل الفيروسات أقل فتكًا وكذلك أكثر فتكًا ، أو قد لا يكون لها تأثير كبير. والطفرة "الناجحة" - التي تحسن احتمالات انتشار الفيروس - ليست بالضرورة طفرة تجعله أكثر فتكًا.

الفرق بين L-Strain و S-Strain يصل إلى نوعين من الأحماض الأمينية المحددة - نوعًا ما يشبه تغيير سطرين من التعليمات البرمجية في برنامج كمبيوتر. ومع ذلك ، يقر مؤلفو التقرير بأنهم غير متأكدين من تأثير التغييرات ("يلعب الحمض الأميني المعني ... دورًا غير محدد حتى الآن في دورة الحياة الفيروسية").

يزعم العلماء أن الاختلاف في الوقت الحالي صغير بما يكفي لأن العلاج ضد إحدى السلالات سيظل فعالاً على الأرجح ضد الأخرى.

العدوانية L- سلالة و S- سلالة الأجداد؟

ومع ذلك ، تشير دراسة Xiaolu إلى أنه قد تكون هناك سمات مختلفة في السلالتين.

تكونت العينة الأولية من سلالات معزولة ووهان - المدينة التي بدأ فيها تفشي COVID-2019 - قبل 7 يناير 2020. ووجد 26 سلالة من النوع L وواحدة فقط من النوع S. تصف الورقة L-Strain بأنها "أكثر عدوانية وتنتشر بسرعة أكبر".

في الواقع ، تنص على أن S-Type هو الشكل الأصلي "السلفي" لـ COVID-2019 ، في حين أن L-Type عبارة عن طفرة. وبحسب ما ورد ، فإن جينوم L-Strain يتباعد بنسبة 4 في المائة فقط عن فيروس كورونا الخفافيش المسمى RaTG-13.

على النقيض من ذلك ، "أشار تحليل الحمل الطفري لدينا إلى أن النوع L قد تراكم عددًا أكبر بكثير من الطفرات المشتقة من النوع S."

هنا حيث تصبح الروايات أكثر تعقيدًا. في عينة لاحقة من الحالات المحددة بعد، بعدما في 7 كانون الثاني (يناير) في أماكن أخرى من الصين (باستثناء واحد) وفي البلدان الأجنبية ، أحصى 72 نوعًا من أنواع L و 29 نوعًا من الفيروسات. هذا يعني أن S-Strain الأقدم بدت في الواقع أكثر شيوعًا ، وليس أقل ، من L-Strain المفترض أنها أكثر عدوانية.

في كلماته: "... النوع S ، الأقدم تطوريًا والأقل عدوانية ، ربما يكون قد زاد في التردد النسبي بسبب الضغط الانتقائي الأضعف نسبيًا."

ما الذي يفسر هذا التناقض؟ تتمثل فرضية Xiaolu في أن الأمر كله يتعلق بالتدخل البشري - أي أن التدابير المتخذة لاحتواء COVID-2019 من قبل البشر ربما أثرت على عدوى L-Strain أكثر من S-Strain ، مع اختيار هذا الأخير.

لا يشرح Xiaolu كثيرًا عن كيفية تأثير التدخل على النجاح النسبي للسلالتين في التكاثر. ربما تجلت أعراض L-Strain بشكل أسرع أو بشكل أكثر دراماتيكية ، مما سمح للأشخاص الذين يعانون من L-Strain بالتعرف عليها وعزلها بشكل أسرع بينما بقيت حالات S-Strain الأقل تحورًا تحت الرادار لفترة أطول.

وجدت دراسة Xiaolu أيضًا خصوصية أخرى: رجل من شيكاغو يبلغ من العمر 63 عامًا عاد من زيارة إلى ووهان يحمل على حد سواء سلالات المرض ، مما أدى إلى تغاير الخلايا.

المتشككون: متى تكون السلالة سلالة؟

ومع ذلك ، يتساءل بعض الخبراء الطبيين عما إذا كان الفرق بين السلالتين كبيرًا بما يكفي ليكون كبيرًا ، وما إذا كانت عينة Xiaolu المحدودة المتاحة واسعة بما يكفي لتكون ممثلة ، وبالتالي يؤكدون أن السلالتين لهما خصائص مختلفة بشكل ملموس.

يمكنك قراءة رسالة كتبها أربعة علماء فيروسات هنا تشرح هذه الانتقادات ، وتدعي أن الدراسة يمكن أن تؤدي إلى "معلومات مضللة خطيرة" ، بالإضافة إلى رد الباحثين الصينيين الذين يشرحون أسبابهم.

قال الدكتور سكوت ويفر ، مدير معهد العدوى البشرية والمناعة ، في جلسة أسئلة وأجوبة نظمها مركز تكساس الطبي "أعتقد ، في الواقع ، هناك القليل جدًا من الأدلة حتى الآن على وجود أي فرق ذي مغزى بين هذه السلالات. [...] من السابق لأوانه معرفة ما إذا كان ... هذين الاختلافين لهما أي تأثير على الطريقة التي يتكاثر بها الفيروس ويسبب المرض. "

الاختلافات بين السلالتين المحددتين ضئيلة. في الواقع ، لا يمكن اعتبارها "سلالات" منفصلة "، كما قال أستاذ علم الفيروسات الدكتور إيان جونز من جامعة ريدينغ العالم الجديد. من الناحية العملية ، كان الفيروس كما كان عندما ظهر في الأصل. لا يوجد دليل على أن الأمر يزداد سوءًا ". (ومع ذلك ، يؤيد علماء آخرون في نفس المقالة استخدام مصطلح "سلالة".)

يجادل عالم الأحياء ريتشارد نيرير في تغريدة بأن الفروق الواضحة بين السلالة L و S-Strain كانت على الأرجح نتيجة إحصائية لا تمثل المرض ككل:

"يتم أخذ عينات من الفاشيات المحلية سريعة النمو بشكل مكثف وتؤدي إلى زيادة تمثيل بعض المتغيرات. حدث هذا في وقت مبكر حول سوق المأكولات البحرية ووهان والآن مع اندلاع إيطاليا. يجب أن يأخذ أي استدلال إحصائي في الحسبان تحيزات أخذ العينات هذه ، وسيؤدي مجرد أخذ القيم في القيم الاسمية إلى استنتاجات خاطئة أو مضللة أو خطيرة تمامًا ".

لكن يبدو أن بعض الخبراء الطبيين يستنتجون أكثر من دراسة Xialou.

على سبيل المثال ، غرد الدكتور جيمس تودارو قائلاً "إن [سلالة S] الخفيفة أصبحت أكثر انتشارًا مقارنة بشهر يناير. هذا يبدو منطقيا. الضغط الذي يهيمن / ينتشر هو الذي يسمح للناس بالبقاء اجتماعيين والسفر - وليس الشخص الذي يقتل ". ويخلص إلى أن S-Strain الأكثر اعتدالًا سوف تنتشر ، مما يؤدي إلى بقاء المزيد من البشر على قيد الحياة من الفيروس وتطوير مناعة ضد كلا النوعين.

وبالمثل ، أخبرت الدكتورة نيكول سافير قناة فوكس نيوز أن "السلالة" L "تميل إلى أن تكون السلالة الأكثر فتكًا أو شدة ، بينما يبدو أن السلالة" S "لها أعراض أكثر اعتدالًا ... لذا فإن ما نراه هو في الواقع المزيد من السلالة المعتدلة من الفيروس لأنه لا يريد في الواقع قتل المضيف ".

ومع ذلك ، قال الدكتور جونز نيوزويك يسيء تفسير كلمة "عدواني" على أنها تعني أن السلالة L من المرجح أن تقتل ، في حين أن Xiaolu كان في الواقع يصف زيادة معدل انتقال العدوى.

وقال: "ما يقصدونه هو أن الفيروس ينتقل بسهولة أكبر ، وليس أنه يسبب مرضًا أسوأ".

من خلال قراءتي الخاصة لورقة Xialou ، لا أرى أي إشارة إلى زيادة الخطورة أو الوفاة بالنسبة للسلالة L ، لكنني أرى إشارة صريحة إلى زيادة قابلية الانتقال: "... تشير نتائجنا إلى أن L قد يكون أكثر عدوانية من النوع S بسبب معدلات الإرسال و / أو النسخ الأعلى المحتملة ".

في الواقع ، Xiaolu et al. أضافوا إضافة إلى مقالتهم: "نحن ندرك الآن أنه في سياق دراستنا مصطلح" عدواني "مضلل ويجب استبداله بمصطلح أكثر دقة" تكرار أعلى ". باختصار ، بينما أظهرنا أن السلالتين يتعايشان بشكل طبيعي ، لم نقدم أي دليل يدعم أي استنتاج وبائي فيما يتعلق بالفوعة أو الإمراضية ... "

مقال آخر بقلم علم مجلة تناقش تتبع سلالات COVID-2019 في أوروبا تخلص بالمثل إلى أن الإفراط في تفسير المجموعة المحدودة من البيانات المتاحة يشكل خطرًا يؤدي إلى استنتاجات غير دقيقة.

وبالتالي ، فإن التفسير الأكثر أمانًا هو أن سلالة S تسبق السلالة L ، ولكن هذا - بناءً على a جدا مجموعة بيانات أولية محدودة — السلالة الأقدم قد ازدادت وتيرتها بعد التفشي الأولي.

سيسعى العلماء بالتأكيد إلى تتبع وتيرة سلالات COVID-2019 ودراستها والطفرات المستقبلية للخصائص التي يمكن أن تؤثر على قابلية الانتقال والخطورة. ولكن لحين توفر المزيد من البيانات ، من المهم عدم المبالغة في تفسير الأدلة المجزأة المتاحة.


السلالات الست من SARS-CoV-2

يمثل الفيروس المسبب لوباء COVID-19 ، SARS-CoV-2 ، ستة سلالات على الأقل. على الرغم من طفرات الفيروس ، إلا أنه يُظهر القليل من التباين ، وهذه أخبار جيدة للباحثين الذين يعملون على لقاح قابل للتطبيق.

هذه هي نتائج الدراسة الأكثر شمولاً التي أجريت على الإطلاق حول تسلسل SARS-CoV-2. استند الباحثون في جامعة بولونيا إلى تحليل 48635 جينومًا لفيروس كورونا ، تم عزلها بواسطة باحثين في مختبرات في جميع أنحاء العالم. تم نشر هذه الدراسة في المجلة الحدود في علم الأحياء الدقيقة. ثم أصبح من الممكن للباحثين رسم خريطة لانتشار وتحولات الفيروس خلال رحلته إلى جميع القارات.

النتائج الأولى مشجعة. يُظهر فيروس كورونا تنوعًا طفيفًا ، ما يقرب من سبع طفرات لكل عينة. الأنفلونزا الشائعة لها معدل تقلب أكثر من الضعف.

يوضح Federico Giorgi ، الباحث في Unibo ومنسق الدراسة: "من المفترض أن فيروس كورونا SARS-CoV-2 قد تم تحسينه بالفعل للتأثير على البشر ، وهذا يفسر التغير التطوري المنخفض". "هذا يعني أن العلاجات التي نطورها ، بما في ذلك اللقاح ، قد تكون فعالة ضد جميع سلالات الفيروس".

يوجد حاليًا ستة سلالات من فيروس كورونا. السلالة الأصلية هي السلالة L ، التي ظهرت في ووهان في ديسمبر 2019. ظهرت أول طفرة لها - سلالة S - في بداية عام 2020 ، بينما ، منذ منتصف يناير 2020 ، لدينا السلالتان V و G. G هو الأكثر انتشارًا: فقد تحور إلى سلالات GR و GH في نهاية فبراير 2020.

يقول جيورجي: "السلالة G والسلالات المرتبطة بها GR و GH هي الأكثر انتشارًا إلى حد بعيد ، وتمثل 74٪ من جميع سلاسل الجينات التي حللناها". "إنها تقدم أربع طفرات ، اثنتان منها قادرة على تغيير تسلسل بروتينات RNA polymerase و Spike للفيروس. هذه الخاصية ربما تسهل انتشار الفيروس"

إذا نظرنا إلى خريطة فيروس كورونا ، يمكننا أن نرى أن السلالات G و GR هي الأكثر شيوعًا في جميع أنحاء أوروبا وإيطاليا. وفقًا للبيانات المتاحة ، يبدو أن سلالة GH قريبة من عدم وجودها في إيطاليا ، بينما تحدث بشكل متكرر في فرنسا وألمانيا. يبدو أن هذا يؤكد فعالية طرق الاحتواء في الأشهر الماضية.

السلالة الأكثر انتشارًا في أمريكا الشمالية هي GH ، بينما في أمريكا الجنوبية نجد سلالة GR بشكل متكرر. في آسيا ، حيث ظهرت سلالة ووهان L في البداية ، يتزايد انتشار السلالات G و GH و GR. هبطت هذه السلالات في آسيا فقط في بداية شهر مارس ، بعد أكثر من شهر من انتشارها في أوروبا.

على الصعيد العالمي ، تتزايد السلالات G و GH و GR باستمرار. يمكن العثور على السلالة S في بعض المناطق المحظورة في الولايات المتحدة وإسبانيا. تختفي السلالات L و V تدريجياً.

إلى جانب سلالات الفيروس التاجي الست الرئيسية ، حدد الباحثون بعض الطفرات النادرة ، والتي ، في الوقت الحالي ، ليست مقلقة ولكن يجب مع ذلك مراقبتها.

يؤكد جيورجي أن "الطفرات الجينومية النادرة هي أقل من 1٪ من جميع الجينومات المتسلسلة". "ومع ذلك ، فمن الضروري أن ندرسها ونحللها حتى نتمكن من تحديد وظيفتها ومراقبة انتشارها. يجب على جميع البلدان المساهمة في السبب من خلال إتاحة الوصول إلى البيانات حول تسلسل جينوم الفيروس".

تم نشر هذه الدراسة في المجلة الحدود في علم الأحياء الدقيقة بعنوان "التوزيع الجغرافي والجينومي لطفرات SARS-CoV-2". المؤلفان هما دانييلي ميركاتيللي وفيديريكو إم جيورجي ، وكلاهما من قسم الصيدلة والتكنولوجيا الحيوية بجامعة بولونيا.


انتشار الإنسان إلى الإنسان

ماثيو ميلر يدرس الفيروسات ، والاستجابات المناعية لها ، في جامعة ماكماستر في هاميلتون ، أونت. لم يشارك في الدراسة ، التي قال إنها قد تقدم أخبارًا جيدة للأمراض.

& quot هذا هو سبب أهمية التسلسل ، & quot؛ قال ميلر. & quot من ناحية ، يمكن أن تخبرنا بالضبط ما هي السلالة التي تسبب العدوى وثانيًا يمكن أن تساعدنا في فهم كيفية اعتماد معدل الوفيات على الفيروس نفسه مقابل البلد أو الموقع الذي تحدث فيه العدوى. & quot

عالم الفيروسات ستيفن جريفين أستاذ مشارك في جامعة ليدز في المملكة المتحدة علق على الدراسة.

وكتب غريفين: & quot

& quot؛ وبالتالي ، فإنها عادة ما تخضع لبعض التغييرات التي تسمح لها بالتكيف وتصبح أكثر قدرة على التكاثر داخلها ، والانتشار من إنسان إلى إنسان. & quot

حذر جريفين من أن الدراسة الصينية لم تختبر ما إذا كان الفيروس يمكن أن يتكاثر أو يصنع نسخًا من نفسه في الخلايا البشرية أو الحيوانات ، لذلك ليس من الممكن القول ما إذا كان هذا هو ما حدث للفيروس الوبائي.


شاهد الفيديو: سلالة كورونا الجديدة وفكرة عمل لقاحات فيروس كورونا (ديسمبر 2022).